Din 1987 însă, conform ordinului Ministerului Sănătății a fost numit în funcția de medic specialist-consultant al Direcției curativ-profilactice a Ministerului Sănătății. În același timp, a lucrat prin cumul în calitate de traumatolog-ortoped la Spitalul Clinic de Traumatologie și Ortopedie din Chișinău.
Din anul 2001 a fost numit șeful Direcției spitalicească și specializată, în 2002 - consilier al ministrului Sănătății, iar în 2005 șef interimar al Direcției principale tehnologii medicale și asigurări în medicină. Din 2008 și până acum a deținut funcția de vicedirector al Spitalul Clinic Traumatologie și Ortopedie din Chișinău.
În timpul carierei sale a participat la elaborarea și perfectarea documentelor în domeniul asigurărilor obligatorii de asistență medicală și a actelor normative în asistența medicală spitalicească și specializată. De asemenea, a contribuit la pregătirea cadrelor medicale în domeniul managementului sanitar, în cadrul catedrei Sănătate Publică și Management a USMF „Nicolae Testemiţanu”.
Pe parcursul carierei sale Andrei Crușinschi a reușit să câștige respectul comunității medicale, care recunoaște că a pierdut un mare profesionist.
În cariera sa de peste 40 de ani, specialistul a reușit să îmbine cu profesionalism atât munca de medic specialist, dar și ca manager în aparatul Ministerului Sănătății și vicedirector la Spitalul Clinic de Traumatologie și Ortopedie din Chișinău.
Medicul traumatolog-ortoped Andrei Crușinschi s-a stins din viață pe 16 aprilie, la 69 de ani.