Din punct de vedere epidemiologic, o mare importanţă la aprecierea igienică a apei are depistarea microorganismelor patogene. Determinarea în apă a acestor microorganisme patogene nu are o valoare profilactică de apreciere a potenţialului epidemiologic, ci de stabilire exactă a diagnosticului epidemiei.

Însă analiza apei pentru identificarea acestor microorganisme este un proces complex, care necesită mult timp. În legătură cu aceasta au început să fie folosiţi indicii bacteriologici de poluare a apei. La baza folosirii acestor indici stau observările, care arată că apa este cu atât mai puţin periculoasă din punct de vedere epidemiologic, cu cât mai puţini microbi saprofiţi şi în special colibacili conţine ea.

În acest sens au fost determinaţi ca indicatori bacteriologici: numărul total de germeni (indicele microbian) şi depistarea bacilului coli în apă (indicele coli).

Indicele microbian reprezintă numărul de colonii microbiene crescute pe bază de agar peptidic după însămânţarea unui centimetru cub de apă (in 24 ore la 37°C). Indicele microbian caracterizează însămânţarea bacteriană generală a apei. În apa curată din fântânile arteziene indicele microbian nu depăşeşte 10-30 microorganisme în 1 ml, în apa relativ curată a bazinelor deschise indicele microbian este de 1000 - 1500 în 1 ml, în fântânile obişnuite - 300 - 400.

Acest indice reflectă puritatea sau poluarea apei, însă nu are o importanţă de sine stătătoare, el trebuie corelat şi cu ceilalţi indici bacteriologici, chimici, helmintologici, biologici, pentru a face concluziile respective. Acest indice are o importanţă deosebită atunci când se verifică eficienţa purificării şi dezinfecţiei apei. Creşterea bruscă a numărului total de germeni din apă faţă de normativul admis de standardul de stat este un semn de poluare sau de defectare a instalaţiilor de purificare şi dezinfecţie.

O importanţă mai mare are prezenţa în apă a E. coli, care este eliminată în mediul ambiant cu fecalele omului si animalelor cu sânge cald. Prezenţa bacteriilor coliforme în apă semnalizează impurificarea probabilă a apei cu excremente, adică nu este exclusă prezenţa agenţilor infecţiilor intestinale (tifos abdominal, paratif, dizenterie etc).

Analiza apei în scopul depistării bacteriilor coliforme permite a preveni, prin anumite măsuri, impurificarea eventuală a ei cu agenţi patogeni. Prezenţa bacteriilor coliforme în apă se determină prin indicele-coli.

În ceea ce priveşte limita germenilor coliformi în apă {S.Mănescu), ea a fost stabilită la 0/100 ml apă pentru apele care se dezinfectează, pornind de la constatarea că la acest număr toţi germenii patogeni din apă au fost distruşi. Pentru apele care nu se dezinfectează limita acceptată este sub 3/100 ml apă, limita la care nu au apărut niciodată epidemii.

Aplicând principiul arătat anterior al relaţiei indirecte între numărul populaţiei care se alimentează cu apă şi numărul germenilor indicatori acceptaţi în apă, s-au stabilit următoarele normative:
1. Instalaţii centrale cu dezinfecţie: numărul total coliformi - 0/100 ml apă; nr. coliformi fecali - 0/100 ml apă; nr. enterococi - 0/100 ml apă.
2. Instalaţii centrale fără dezinfecţie numărul total coliformi - 3/100 ml apă; nr.coliformi fecali - 0/100 ml apă; nr. enterococi - 0/100 ml apă.
3. Instalaţii locale, fântâni, izvoare: numărul total coliformi - 10/100 ml apă; nr. coliformi fecali - 2/100 ml apă; nr. enterococi - 2/100 ml apă.

Printr-un şir de cercetări s-a constatat că bacteriile coliforme sunt mai rezistente la substanţele dezinfectante, cu mult mai rezistente decât agenţii intestinali, bacilii de tularemie, bruceloză, bacteriile de leptospiroze. De aceea bacteriile coliforme se consideră nu numai un indice al impurificării apei, ci şi al siguranţei de dezinfectare a ei, în special a celei de robinet.

Dacă apa de băut conţine substanţe toxice, poate provoca intoxicaţii acute sau cronice. Aceste substanţe pot ajunge în apa de băut din sursa de alimentare cu apă (de exemplu, un râu în care se revarsă apele reziduale industriale care conţin substanţe toxice, din punct de vedere bacteriologic, nu influenţează decât foarte puţin substanţele toxice aflate în soluţie în apă. De aceea e necesar a asigura o protecţie cât mai riguroasă a surselor de apă faţă de eventualele impurificări cu substanţe toxice, în special prin apele reziduale industriale.