Drept zonă de protecţie sanitară se consideră un anumit teritoriu din preajma sursei de apă şi a instalaţiilor de epurare. În această zonă se instituie un regim special cu scopul de a preveni modificările nefavorabile ale apei. În zona adiacentă apeductului regimul de protecţie sanitară trebuie să fie mai strict decât în cele mai îndepărtate. De aceea zona de protecţie sanitară pentru apeductele de la bazinele de suprafaţă are două cordoane.
Primul cordon sau zona de regim strict include locul de captare a apei şi al instalaţiilor apeductului: staţiile de pompare, instalaţiile de epurare, rezervoarele de apă curată. Acest teritoriu se îngrădeşte şi este păzit, accesul persoanelor străine este interzis. Terenul trebuie să fie înverzit şi salubrizat, apele meteorice vor fi lansate mai jos de locul de captare a apei.
În toate încăperile staţiei trebuie să se menţină o curăţenie impecabilă, în clădiri trebuie să fie instalate vaterclosete. Personalul de serviciu va trece în mod obligatoriu controalele medicale periodice, analizele bacteriologice, examenul ia, cunoştinţele sanitare despre lucrul efectuat, va respecta riguros igiena personală. În zona cordonului cu regim strict este interzisă folosirea bazinului de apă în alte scopuri (plimbări cu barca, adăpatul vitelor, spălatul rufelor, prinsul peştelui, scăldatul etc). Dacă râul nu e prea mare, cordonul strict include şi malul opus (în zona de captare a apei).
Zona aceasta se determină cu scopul de a exclude poluarea eventuală sau premeditată a apei în verigile cele mai importante ale apeductului.
Cordonul al doilea sau zona de restricţie include teritoriul care înconjoară sursa de apă şi afluenţii ei. Zona de restricţie merge, în fond, în susul apei, uneori până la zeci de km. În josul apei zona de restricţie atinge câteva sute de metri. Zona de restricţie depinde de gradul de poluare şi capacitatea de autoepurare a sursei de apă.
Suprafaţa zonei de restricţie din susul apei trebuie să asigure lichidarea impurităţilor din apă, în special a celor bacteriene pe contul proceselor de autoepurare a apei din bazin. S-a stabilit că bacteriile patogene din râu se distrug în decurs de 5 zile, iar în condiţiile climei toride - în trei zile. De aceea, hotarul de sus al zonei de restricţie trebuie să fie la aşa distanţă de locul de captare, ca scurgerea apei să asigure autoepurarea ei.
Această distanţă se calculează după formula:
L = V * t ;
unde L reprezintă distanţa de la locul de captare până la hotarul de sus al zonei (m);
V - viteza curentului de apă (m/pe zi);
t - durata dispariţiei bacteriilor din râu (5 zile pentru zonele climatice I şi II şi 3 zile pentru zonele calde şi toride III şi IV).
În caz de folosire (pentru apeduct) a apei din râuri mari zona de restricţie se extinde la 20-30 km, din râurile medii -la 30-60 km, din râurile mici zona de restricţie se extinde asupra întregii albii a lor. În zona de restricţie o deosebită atenţie se acordă în dreptul centrelor populate, întreprinderilor, fermelor de vite.
O importanţă deosebită în aceste zone o are salubrizarea centrelor populate, curăţenia de impurităţi şi murdărie (gropile de gunoi şi latrinele impermeabile, neutralizarea reziduurilor în locuri îndepărtate de artera de apă etc). Scurgerea reziduurilor menajere şi industriale în apă e interzisă sau limitată şi poate fi permisă numai în cazurile de epurare a lor până la limitele admisibile de normativele sanitare.
Construcţia barajelor sau a întreprinderilor care dau reziduuri lichide se permite numai cu acordul serviciului sanitar, la 10-15 km mai sus (100-200 m mai jos) de locul de captare şi este interzisă îngrăşarea suprafeţelor agricole cu băligar sau alte impurităţi, prelucrarea solului şi plantelor cu pesticide.
Folosirea râului (în zona de restricţie) pentru scăldat, adăpatul animalelor, spălatul rufelor se permite numai în anumite locuri stabilite de către serviciul sanitar.